Органами управления Академией являются:

• Учредитель — высший орган Академии в лице

Центрального духовного управления БТСР;

• Ректор;
• Общее собрание Академии;
• Ученый совет.

• Центральное духовное управление:

членами Центрального духовного управления по должности являются Дид Хамбо Ламы, Шэрээтэ Лама Агинского дацана, Шэрээтэ Лама Иволгинского дацана. Цанид ламы. Главой Учредителя является Пандито Хамбо Лама.

• Ректор является единоличным исполнительным органом Академии.

При создании Академии Ректор избран на должность ЦДУ. В дальнейшем Ректор назначается на должность и освобождается от занимаемой должности (в том числе досрочно) решением Пандито Хамбо Ламы. Ректор назначается на должность сроком не более 5 лет с правом переназначения на новый срок без ограничения количества переназначений. Ректор Академии является председателем Ученого совета.

• Общее собрание Академии заслушивает ежегодный отчет Ректора о деятельности Академии, отчеты руководителей подразделений Академии;

рассматривает проект правил внутреннего распорядка Академии;

• Ученый совет осуществляет руководство текущим образовательным процессом, состоит из штатных научно-педагогических сотрудников, осуществляющих свою деятельность на безвозмездной основе. В Ученый совет по должности входят ректор, проректоры, руководители спецкурсов по профилям, ученый секретарь. Председателем Ученого совета является Ректор.